专门管辖，是指专门人民法院之间，以及专门人民法院与普通人民法院之间对第一审刑事案件在受理范围上的分工。
刑事诉讼法第27条规定：“专门人民法院案件的管辖另行规定。”
最高法院《解释》第20条规定：“现役军人（含军内在编职工，下同）和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院或者其他专门法院管辖；涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。”第21条规定：“下列案件由地方人民法院或者军事法院以外的其他专门法院管辖：（一）非军人、随军家属在部队营区内犯罪的；（二）军人在办理退役手续后犯罪的；（三）现役军人入伍前犯罪的（需与服役期内犯罪一并审判的除外）；（四）退役军人在服役期内犯罪的（犯军人违反职责罪的除外）。”
铁路运输法院管辖的刑事案件主要是铁路运输系统公安机关或者铁路检察院负责侦破的刑事案件。
